ナイアシンはほぼ安全と言えるようですが、よく見られる軽度の副作用としては顔などの皮膚が紅潮する反応が挙げられます。この紅潮反応はアルコール摂取によって悪化する事がある為、ナイアシン使用中の多量の飲酒は避けたいところです。その他の副作用として、顔や腕、胸の痛みやかゆみ・発赤・頭痛・胃の不調・腸内ガス・めまい・口の痛みなどが生じる事もあります。
過剰摂取は、肝障害・消化管の潰瘍・失明・高血糖症・不規則な心拍といった重い副作用を起こす危険性もありますので、用法用量を守って使用してください。また、妊娠授乳期の方はナイアシンを通常よりも多く摂取する必要があり、妊娠中期の推奨量は１日１３㎎、妊娠末期で１５㎎、授乳期は１４㎎とされています。コレステロールを下げる薬（スタチン系）、血糖値を下げる薬などを服用している方は飲み合わせに注意が必要です。